Sumber pendanaan program ini juga telah menimbulkan polemik hangat di dalam negeri dengan barisan pengajar menolak penggunaan dana dari Bantuan Operasional Sekolah (BOS) untuk itu. Terlepas dari apakah program ini akhirnya akan dilaksanakan atau tidak, ada baiknya dipikirkan apa sisi baik dan buruk dari pemberian makan siang gratis tersebut.
Harus diakui, program makan siang gratis nasional ini membutuhkan pendanaan besar yang akan membebani anggaran pendapatan dan belanja negara serta harus dikelola dengan baik dan transparan untuk mencegah kebocoran serta penyalahgunaan.
Dikatahui, sejauh ini anggaran yang diperkirakan untuk makan siang gratis belum memasukkan kebutuhan untuk pemberian susu dan gizi tambahan untuk balita dan ibu yang mengandung dan menyusui. Sehingga, angggrannya akan membengkak lagi saat kebutuhan tersebut dimasukkan nantinya.
Program skala nasional ini juga membawa tantangan logistiknya sendiri. Membagikan makanan kepada puluhan juta anak di pelbagai daerah dengan aksesibilitas dan kondisi topografis berbeda tentu tidaklah semudah menyalurkan Bansos atau Bantuan Langsung Tunai. Ini merupakan kegiatan yang kompleks, termasuk untuk memastikan penyaluran tepat waktu, bermutu, serta dengan standar kebersihan dan keamanan pangan yang baik.
Kekhasan diet setempat, kebiasaan budaya serta religius yang menyangkut pangan serta pantangan bagi siswa-siswa tertentu, juga merupakan faktor-faktor yang perlu dipertimbangkan dalam menetapkan standar makan siang dengan standar gizi yang konsisten. Menetapkan porsi yang tepat secara nasional, juga menjadi tantangan tersendiri agar tidak terjadi pemborosan pangan dan juga mengurangi potensi limbah makanan.
Salah satu aspek penting yang harus dipertimbangkan dalam program pemberian makan gratis secara nasional ini, bahwa kebutuhan nutrisi tiap individu berbeda berdasarkan tingkat kegiatan serta pertumbuhan mereka serta juga keadaan kesehatan mereka. Kebutuhan energi anak berumur antara 5-8 tahun misalnya, berada antara 1.400 sampai 1.600 kalori per hari. Sementara untuk yang berumur antara 9 dan 12 tahun membutuhkan antara 1.600 dan 2.000 kalori per hari. Belum lagi kebutuhan nutrien makro dan mikro mereka yang juga berbeda.
Program makan siang ini juga berpotensi menimbulkan ketergantungan pada bantuan pemerintah dan menjadi penting untuk menjaga keseimbangan antara pemberian bantuan, agar tidak menjadi ketergantungan. Kesusksesan implementasi program ini juga dinilai krusial dengan adanya tata kelola keuangan yang hati-hati serta kepatuhan pada batasan-batasan fiskal.
Karena itu, penulis menilai, program makan siang gratis ini merupakan sikap ugal-ugalan dalam pengelolaan anggaran negara. Lantaran menyedot biaya besar, makan siang gratis untuk anak-anak sekolah bakal memangsa banyak program dan pos anggaran lain yang lebih penting. Padahal, selain rawan korupsi, makan siang gratis belum tentu mendatangkan manfaat yang sebanding dengan program yang tereliminasi untuk membiayainya.
Sejauh ini diketahui, pemerintah sudah memasukkan program makan siang gratis ke Rancangan Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara 2025. Meski belum ada penetapan nilai anggaran untuk proyek ini, namun hitungan awal sejumlah kementerian menunjukkan nilai yang besar dan bisa membuat defisit anggaran membengkak.